主軸馬達為磁頭能飛行的動力來源，是磁頭磁碟總成內部構造的主要零組件之一。目前所使用的都是所謂的直流無刷(DC Brushless)馬達，其主要功能一為帶動磁碟片旋轉，提供磁頭飛行所需的空氣浮力，另一則是將作業系統所欲存取的磁扇區帶到磁頭下方，進行資料讀寫的動作。
